海倫市轄13個鎮、10個鄉：海倫鎮、海北鎮、倫河鎮、共合鎮、海興鎮、祥富鎮、東風鎮、百祥鎮、前進鎮、向榮鎮、長發鎮、東林鄉、海南鄉、共榮鄉、樂業鄉、福民鄉、豐山鄉、永富鎮、聯發鎮、永和鄉、愛民鄉、扎音河鄉、雙錄鄉；六個國營林場、東方紅水庫、海倫農場、紅光農場。共243個行政村，5個街道辦事處，20個社區。 

海倫鎮位于海倫市中部，東與東林鄉相鄰，南與東風鎮相接，西靠前進鄉，北與長發鄉接壤。幅員面積19平方公里。海倫鎮下轄三個行政村，20個自然屯，現有農業人口8489人，農戶2137戶，耕地面積17000畝。 

東風鎮地處松嫩平原與小興安嶺余脈過渡帶，位于海倫市東南部，距市區14公里，是農業為主，工業為輔，旅游、苗木花卉為立鎮產業的鄉鎮。清朝時期在此設立皇家圍場。全鎮總幅源面積33萬畝，其中耕地面積20萬畝，林地面積6.6萬畝，下轄13個行政村，87個村民組，總人口3.3萬人。

海北鎮位于黑龍江省海倫市最北部，素以物產豐富，商貿興旺著稱。始建于1902年（光緒二十八年），由法國神父陸平來此建立名為“圣若瑟屯”大天主教堂，1906年（光緒三十二年）開始建屯，公元1912年（民國元年）改為海北。全鎮幅員面積316平方公里，耕地面積30萬畝，人口6萬，下轄17個行政村，6個居民委，80個自然屯。濱北鐵路和綏北高速公路穿鎮而過，區位優越，交通便捷，是我國北方重要的大豆貿易集散地；是海倫市北部鄉鎮和農場的政治、經濟、文化、交通中心。先后被確定為全國100個小城鎮建設試點鎮、省級新農村建設試點鎮、省級現代農業示范區試點建設鎮、全省百鎮建設推進工程示范鎮、省級重點開發區重點開發鎮。

倫河鎮位于海倫市西南部，距海倫市區60公里處。幅員面積274平方公里，耕地面積20萬畝，轄10個行政村，4個居民委，人口5.2萬人。倫河鎮是黑龍江省海倫市西南部政治、經濟、文化交流中心，地處松嫩平原腹地，位于通肯河、海倫河畔，背靠海倫，南擁望奎，西挎明水、青岡兩縣，北承汩汩流淌的通肯河，是四縣市的區位節點、經濟要沖。優越的區位優勢和龐大的消費市場為商貿業發展奠定了得天獨厚的基礎，是海倫市西南部區域性商品集散中心。1994年被確定為全國500家小城鎮建設試點鎮，1995年被黑龍江省確定為省級非國有經濟特區。2006年，城南工業園區被省中小企業局確定為全省只有6家的中小企業孵化基地。

共合鎮位于海倫市西南部、海望公路30公里處，幅員面積250平方公里，耕地面積20.9萬畝，小城鎮占地2平方公里。全鎮下設11個行政村，56個自然屯，78個村民小組，總戶數7005戶，3.5萬人口。鎮內居民4000戶，人口1.2萬人。地處中溫帶，屬大陸性季風氣候，有效積溫2300-2600度，年平均降雨量550mm，日照時數2780小時左右。共合鎮史稱“三圣宮”，因鎮內百年古寺“三圣宮”得名。以農業為主導產業，盛產大豆、玉米、馬鈴薯、甜菇娘、甜香瓜等作物，被農業部命名為“中國菇娘之鄉”。近年來，運輸、商貿等第三產業得到一定發展，逐步成為新興商貿中心集鎮。2013年，全鎮社會總產值實現4.1億元。財政全口徑收入500萬元。